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在使用山东台式灭菌器时，可以通过采取正确的操作方法，避免台式灭菌器由于操作上的失误，引发故障，影响正常灭菌效果。其实，正确规范的操作方法很简单易懂。另外，为了保障灭菌效果，也需要注意很多细节。
台式灭菌器内的灭菌物不宜放置的过紧；灭菌结束后，不可放气减压，否则瓶内液体会剧烈沸腾，冲掉瓶塞而外溢甚至导致容器爆裂。须待灭菌器内压力降至与大气压相等后才可开盖。
为了确保灭菌效果，应每次灭菌完都检查灭菌效果，常用的方法是灭菌室放置生物指示剂和化学知识卡，灭菌完成取出指示剂然后在山东生物培养仪进行培养，查看灭菌是否合格，将检测灭菌环境是否合格的化学知识卡贴于待灭菌的物品外包装上，如胶纸上指示剂变色，亦说明灭菌环境是可靠的。
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